Simulazioni di dinamica molecolare in sistemi compessi. Tecniche avanzate di simulazione a campionamento potenziato. Simulazioni di non equilibrio. Metodi alchemici e costanti di binding host-guest
Computational Chemistry (II ed.)
CJ Cramer
Wiley
ISBN 0-470-09182-7.
Dispense a cura del docente
Obiettivi Formativi
I metodi computazionali sono oggi di importanza decisiva nell studio delle proprieta' dei sistemi chimici complessi. Il corso mira a fornire gli elementi di base per un moderno approccio alla chimica computazionale nell'ambito dei materiali e dei sistemi di interesse biologico.
Prerequisiti
nessuno
Metodi Didattici
Lezioni frontali.
Esercitazioni pratiche al computer
Modalità di verifica apprendimento
Esame orale
Programma del corso
Hartree-Fock ristretto e non ristretto. Energia di correlazione e tecniche post-Hartree Fock. Teoria del funzionale densita'. Calcolo ab initio di proprieta; molecolari. Cenni su simulazioni ab initio
Ensemble termodinamici. Insieme microcanonico, canonico ed
isotermo-isobaro. Interazioni intra ed intermolecolari. Force field
classici per MM. Dinamica molecolare di sistemi complessi. Periodic
Boundary conditions ed interazioni elettrostatiche a lungo
raggio. Integrazione numerica delle equazioni del moto. Simulazioni a
temperatura e pressione costante. Simulazioni a campionamento
esaltato. Umbrella Sampling, Simulazioni a scambio di repliche,
metadinamica. Tecniche di simulazione di non equilibrio. Teorema di
Jarzynski e teorema di Croooks. Metodi "alchemici" per la
determinazione delle costanti di affinita' nei sistemi host-guest.